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SharePoint 2010 以降のバージョンでは、サイト コレクションを削除した際にコンテンツ データベースからすぐには削除されず、削除済みとしてマークして、「段階的なサイトの削除」タイマージョブによって段階的に削除されるようになりました。
このような動作変更の背景には、以前のバージョンにおいて、巨大なサイト コレクションを削除した際にデータベースのブロッキングの原因となる場合があったことが挙げられます。
※詳細については Bill Baer氏のブログ Gradual Site Delete in SharePoint 2010 をご参照ください。
また、SharePoint 2010 SP1 以降および SharePoint 2013 では、、削除済みとしてマークされたサイト コレクションを復旧するための各種コマンドも提供されています。
※削除されたサイト コレクションを復元するためのユーザー インターフェイスは提供されていないため、コマンドから実施する必要があります。
・Move-SPDeletedSite (SharePoint 2013 のみ)
削除されたサイト コレクションがコンテンツ データベース内に残留する期間は、Web アプリケーションの全般設定のごみ箱に関する設定項目で変更できます。
既定では Web アプリケーションの設定においてごみ箱の機能が有効になっており、削除されたサイト コレクションは 30 日間保持される設定になっています。
なお、注意点として、段階的なサイトの削除はユーザー インターフェイスから削除した場合および、休止サイトの削除機能 (詳細はこちら) によりサイト コレクションが削除された場合には有効になりますが、Remove-SPSite コマンドにより PowerShell 経由でサイト コレクションを削除した場合には既定規定で有効になりません。
Remove-SPSite によりサイト コレクションを削除する際に段階的な削除を有効にしたい場合には、-GradualDelete パラメータを付与する必要があります。特に大きなサイズのサイト コレクションを削除する際には、段階的な削除を使用しないとデータベースでブロッキングが生じてパフォーマンスに影響する可能性があるためご注意ください。
(参考)
削除されたサイトを復元する (SharePoint 2013)
https://technet.microsoft.com/ja-jp/library/hh272540.aspx
ごみ箱の設定を構成する (SharePoint Server 2010)
https://technet.microsoft.com/ja-jp/library/cc263125.aspx
補足1
以下の Technet ギャラリーでは、Get-SPDeletedSite の機能を使って、サイトコレクションが削除された旨を管理者にメールで通知するサンプルが公開されています。
サイト コレクションの削除をユーザーに委任している環境では管理者の役に立つかもしれませんので参考にしてみてください。
Alert for Deleted SharePoint 2013 Site Collections
https://gallery.technet.microsoft.com/Alert-for-Deleted-d5872d06
補足2
サイト コレクション全体ではなく、サブ サイトを削除するためのコマンド Remove-SPWeb においても、-Recycle パラメータを使用することで削除対象となるサブ サイトをごみ箱に移動することができます。
本パラメータ機能は -GradualDelete パラメータと同様に、SharePoint 2010 SP1 以降または SharePoint 2013 以降のバージョンで追加されました。